Факультет організований як сільськогосподарське відділення при Київському політехнічному інституті в 1898 р. Очолював його професор М.П. Червинський.
Перший випуск 32-х вчених агрономів відбувся в 1903 році, де головою державної екзаменаційної комісії був Д.І. Менделєєв.
У 1908 році сільськогосподарське відділення очолив магістр землеробства, ординарний професор П.Ф. Сльозкін. У 1919 р. воно було реорганізоване в сільськогосподарський факультет, на якому навчалося біля 200 студентів. Факультетом у наступні роки керували відомі науковим колам професори В.В. Колтунов та М.Ф. Кащенко.
На базі агрономічного факультету (декан професор І.М. Щоголів) у 1922 р. при КПІ був створений Київський сільськогосподарський інститут, який вже з 1923 року став самостійним вищим навчальним закладом.
Після побудови навчальних корпусів КСГІ у Голосієві, в його складі продовжив свою діяльність і агрономічний факультет, яким керували професори Е.П. Вотчал, І.М. Щоголів, А.Г. Михаловський, доцент Ю.П. Манойленко.